由于电子票据的的格式、核押方式均由商业各银行自行确定的，而作为交易活动的客户方，无法掌握电子票据的真实性，一旦客户和银行之间发生因泄密、被盗、篡改等业务纠纷。商业银行利用自己管理电子数据的优势，提供对自己有利的证据，而客户由于不掌握电子数据的管理权，则难以取得对商业银行不利的网上银行的电子数据证据，这会有失公平。对于使用电子票据的企业或个人来说，当与商业银行发生纠纷时，客户无法取证、取证难，这也加大了客户的风险。
IT风险
对于电子票据，其还面临电子载体的各种系统性风险。包括数据文件丢失、系统瘫痪、网络攻击风险等等，这也是电子载体问题的共性。道德风险比如在这次提到的13亿的电子票据案中，就暴露了银行内部人员在审核上不严格执行的道德风险问题。
财务上的风险
电子票据在财务上，可能需要转开成纸质票据，而其与直接背书的的纸质票据的转让相比，电子票据的质押转开会同步增加客户应收和应付票据，增加客户的负债率，不利于财务表表的优化。
报道称，有银行离职员工冒充工商银行廊坊分行工作人员身份，伪造该银行相关资料及印鉴，在工商银行廊坊分行用假公章开设了河南焦作中旅银行的同业户，而廊坊分行工作人员由于没有严查法人是否签字，就开设了同业户，并以工行的电票接入系统开出了数十亿的电子票据。
目前，电子票据系统的整个管理程序，在防范上，都显得过于“粗心”，对道德风险的防范也不足，因此这也是电子票据的使用过程中的道德风险问题。当然上面风险的存在，也不是说电子票据这种形式就不好，理财师指出，对于新事物，总是有个完善的过程，故在使用过程中，建议还是先要多加注意，防患于未然。